Создан в 1969 году. Охраняются природные комплексы южного Прибайкалья и побережья Байкала, расположенные на территории Кабанского, частично Селенгинского, Джидинского административных районов Республики Бурятия. Площадь заповедника 165,7 тысяч гектаров. В состав заповедника в качестве филиала вошел орнитологический заказник «Кабанский», расположенный в дельте реки Селенга. Находится в ведении Государственного комитета РФ по охране окружающей среды. В 1986 году Байкальскому заповеднику придан статус биосферного.

Основными задачами деятельности заповедника являются -восстановление и сохранение экосистем Южного Прибайкалья; комплексный мониторинг, ведение «Летописи природы»; экологическое образование и воспитание.

Заповедник находится на южном побережье озера Байкал в центральной части хребта Хамар-Дабан, занимая также незначительную часть прибайкальской террасы со сфагновыми болотами. Восточная граница проходит по реке Мишиха, западная по реке Выдриная, южная - по водоразделу хребта Хамар-Дабан.

Хребет Хамар-Дабан простирается вдоль береговой линии Байкала с запада (долина реки Иркут) на восток (до реки Селенга). На юге отроги хребта доходят до реки Темник. Северный склон обращен к Байкалу. Для него характерны мощные боковые отроги с альпинотипными формами рельефа и следами оледенения. Южный склон имеет более сглаженный рельеф, остепненные участки Максимальные высоты составляют 2000-2300 метров над уровнем моря.

На территории заповедника насчитывается более 30 рек и речек. Самые крупные - Темник, Мишиха, Переемная, Выдриная.
В климатическом отношении северный склон находится под влиянием Байкала и влажного северо-западного переноса воздушных масс с Атлантики - здесь задерживается большое количество осадков (наибольшее по Прибайкалью) от 1000 мм на побережье до 1500 мм в высокогорье.

Климат прохладный и влажный. Средняя температура января -17-20 градусов, июля 14-15 градусов. Среднегодовая температура - 0,7 градусов.
Мощность снегового покрова от 100 см в нижнем лесном поясе до 200 см в высокогорье. Благодаря раннему и мощному снеговому покрову почва в основном не промерзает, что создает благоприятные условия для жизни растений и животных.

Термическое влияние Байкала прослеживается до 300 м над его уровнем, до нескольких километров вглубь по долинам рек и выражается в более низких, чем на прилегающих территориях летних температур и более высоких зимних (в среднем на 8-10 градусов).
Климат высокогорий отличается значительной увлажненностью и континентальностью.

На южном склоне Хамар-Дабана проявляется влияние аридного климата забайкальских степей. Климат резко континентальный. Количество осадков составляет около 400 мм в год. Средняя температура января около - 26-27 градусов, июля 18-19 градусов, среднегодовая - 6 градусов.

Растительность Хамар-Дабана образует 3 высотных пояса: горно-лесной, субальпийский и альпийский.
Темнохвойные леса северо-западных склонов хребта Хамар -Дабан относят к числу древнейших растительных формаций Сибири. В их составе уникальные типы леса: пихтарник анемоновый, пихтарник вальдштейновый. Во многих других лесных сообществах реликты также участвуют, усиливая их своеобразие. Оригинальные и редкие сообщества: пихтарник с ярусом пихтового стланика, высокогорные пихтовые парки с участием в покрове реликтового комплекса, тополевники с костяникой и вальдштейнией и другие.

Присутствие большого количества реликтовых видов обуславливается своеобразием климатических условий (в частности, влияние Байкала), которые не претерпели существенных изменений, по - видимому, с конца плейстоцена.
Отмечены такие реликты третичного периода как дубравка ползучая, вероника лекарственная, кипрей горный, володушка золотистая, щитовник горный, ветреница алтайская, весенник сибирский, тополь лушистый, вальдштейния тройчатая, первоцвет Палласа и другие.

Горно-лесной пояс на высотах 500-1500 метров представлен двумя полосами: на прибайкальских террасах расположены елово-кедровые и пихтово-кедровые леса с небольшой примесью лиственницы и сосны. В травянистом ярусе - вейник, анемона, щитовник, мятлик, бадан, черника, зеленые мхи.

В долинах рек значительна примесь тополя душистого с купальницей, анемоной, костяникой, аконитом, страусопером. Встречаются вторичные формации - березняки с грушанкой, мятликом, черемшой, вейником, иван-чаем и травяные болота.

Следующая полоса представлена пихтовой и кедрово-пихтовой тайгой на склонах с наибольшим увлажнением. На крутых каменистых склонах преобладает кедр с баданом, зелеными мхами, брусникой, в подлеске обильна пихта стланиковой формы, кедрово-пихтовый подрост. В нижней части склона растет ель, здесь встречается голубая форма ели сибирской.

Речные долины заняты лесами с преобладанием тополя с примесью пихты, ели, со значительным участием кустарников - ивы, черемухи, рябины, ольхи, кедрового стланика. В травянистом ярусе присутствует множество реликтовых видов.

Верхняя граница леса представлена в основном пихтой. В травянистом ярусе - вейник, щитовник, мятлик, аконит, анемона, вальдштейния, кашкара. Этот тип леса относят к реликтовым

В субальпийском поясе распространены пихтовые и кедрово-пихтовые парки с примесью берез с купальницей, анемоной, папоротниками, баданом, аконитом, сверцией в травянистом ярусе; с кедровым стлаником и можжевельником в кустарниковом ярусе.

Встречаются злаково-разнотравные луга с участием черники. Широко распространены вейниковые и папоротниковые высокотравья, в которых обильны зонтичные и лютиковые. Высокотравье достигает в высоту 1,5-2 метра. Большие площади занимают кустарниковые заросли из кедрового стланика с зелеными мхами, черникой, кашкарой, брусникой. Реже произрастают ольха кустарниковая и ивы.

Альпийский пояс проходит на высотах от 2000 метров до 2300 метров над уровнем моря, образован высокогорными тундрами (лишайниковыми, мохово-лишайниковыми). Травянисто-кустарниковый ярус представлен сиббальдией, овсяницей, дриадой, березой круглолистной, ивой сизой с повсеместным участием филлодоце голубой. Небольшие участки заняты лугами с обедненным разнотравьем.
Растительность южного склона резко отличается - здесь распространены лиственничные и сосновые леса с брусникой, мхами, рододендроном, мытником, кедровым стлаником. Участки склонов с южной экспозицией заняты степными ценозами. Выше находятся лиственнично-кедровые леса до 1800-1900 метров над уровнем моря. Субальпийский пояс занимают редколесья из кедра и лиственницы с зарослями кедрового стланика. Значительное распространение имеют ерниковые заросли из березки круглолистной, можжевельника.

Флора высших сосудистых растений насчитывает около 800 видов, 40 из которых относятся к категории редких, эндемичных или реликтовых

К эндемикам относятся родиола перистонадрезанная, рапонтикум хамарский, мятлик иркутский, сверция байкальская и другие. 12 видов растений внесены в Красную книгу СССР и Красную книгу России. Это касатик гладкий, башмачок крупноцветковый, анемона байкальская, калипсо луковичная, сверция байкальская и другие.

Животный мир заповедника имеет горно-таежный характер, за исключением обитателей горно-степных ценозов на южном склоне.
В составе фауны 45 видов млекопитающих, 260 видов птиц, 2 вида амфибий, 2 вида рептилий, 8 видов рыб.

В горно - лесном поясе исключительно благоприятные условия для многих видов животных - это чрезвычайная захламленность, бугристо-западинный микрорельеф, обилие кормовых ресурсов, что определяет видовое разнообразие и высокую численность животных.

Доминируют мелкие млекопитающие, среди них красная и красно-серая полевки, обыкновенная, средняя и равнозубая бурозубки, азиатская лесная мышь, полевка-экономка. Обитают лесной лемминг, лесная мышонка, пашенная полевка, бурундук, белка, летяга. Многочисленны куньи: соболь, колонок, горностай. Редки солонгой и ласка. Повсеместно обитает медведь. Малочисленны лисица, волк, росомаха, рысь. Очень редка выдра. Достаточно обычны кабарга, косуля, благородный олень, кабан. Отмечена изолированная популяция северного оленя. Встречаются водяная ночница, северный кожанок, обыкновенный ушан.
Класс амфибии представлен сибирским углозубом и остромордой лягушкой. Рептилии - живородящая ящерица и обыкновенный щитомордник.

Основу орнитофауны составляют сибирские и европейские виды, присутствуют виды монгольского, восточно-азиатского, китайского, тибетского и арктического происхождения.

На прибайкальской террасе доминируют перевозчик, большая горлица, черная ворона, длиннохвостая синица, буроголовая гаичка.
В горно-лесном поясе доминируют горная трясогузка, кедровка, буроголовая гаичка. Появляются лесные виды - глухарь, рябчик, вальдшнеп, дятлы, мухоловки, желтоголовый королек, московка. Типичны дневные хищные птицы - перепелятник, тетеревятник, черный коршун, канюк. Из отряда сов встречаются филин, болотная и ушастая совы, сплюшка, ястребиная сова, мохноногий сыч длиннохвостая неясыть. Зимуют снегири, свиристель, щур, пуночка.

В орнитофауне субальпийского пояса доминируют восточный воронок, соловей-красношейка и обыкновенная чечевица. Обычны пеночка-зарничка, дрозды, щур, белошапочная овсянка, дубровник.
Альпийский пояс отличает бедный видовой состав, здесь доминируют рогатый жаворонок, горный конек, встречается тундряная куропатка, удод.

На южном макросклоне лесная орнитофауна дополняется обитателями степных ценозов и лугов. Обитают зимородок, полевой жаворонок, полевой конек, красноухая овсянка, овсянка Годлевского и другие.
Мало водоплавающих птиц. Здесь встречаются длинноносый крохаль, горбоносый турпан.
Реки населяют черный хариус, ленок, налим, таймень и др.

В Красную книгу России занесены - сибирский крот, выдра, северный лесной олень, черный аист, беркут, скопа, орлан-белохвост, горбоносый турпан, хохлатый осоед и другие.

Обширная часть территории заповедника и его охранной зоны подвергается непосредственному антропогенному влиянию, поскольку северная граница заповедника располагается недалеко от автомобильной и железнодорожной магистралей. Этому же способствуют и климатические условия - локальные ветры, направленные вдоль береговой линии и улавливающие загрязняющие вещества Байкальского ЦБК и Селенгинского ЦКК. Кроме того, глобальный воздушный перенос с запада приносит выбросы Иркутско-Черемховского промышленного узла.

Дожди на побережье и в лесном поясе имеют, в основном кислую реакцию. Фиксируются существенные внешние повреждения на крупнотравье, наблюдается преждевременное опадание листьев у лиственных пород деревьев. Отмечают ухудшение состояния высокогорных пихтовых лесов, в частности уменьшилась продолжительность жизни хвои, годовой прирост снизился на 40-60%, резко сократилось возобновление.

Разрушение экосистем заповедника вследствие антропогенного воздействия делает проблематичным само существование ряда животных и растений, уникальных фитоценозов. В связи с этим сокращение хозяйственной деятельности на южном Байкале является весьма актуальной задачей.

Необходимо увеличить площадь заповедника с тем, чтобы сюда вошли территории до рек Ичетуй и Торей, Таглейский заказник, в пределах которых совершают миграции копытные с северных склонов Хамар-Дабана. Здесь же находятся большие участки реликтовых лесов.

Шедогоева Л.В. Особо охраняемые природные территории Бурятии
(Заповедники, национальные парки и заказники): Справочное пособие.-
Улан-Удэ: Изд-во БГУ, 1999.- С.11-16